Melatonin se pri kratkoročnom uzimanju u preporučenim doziranjima smatra sigurnim i dobro podnošljivim. Budući da se radi o hormonu koji tijelo samo proizvodi, rizik od nuspojava manji je nego kod sintetskih tableta za spavanje. Ne uzrokuje tjelesnu ovisnost kakva je poznata kod benzodiazepina ili Z-lijekova.
Ne moraš se dakle brinuti da nećeš moći spavati bez melatonina nakon što si ga neko vrijeme uzimao/uzimala. Tijelo ne prestaje s vlastitom proizvodnjom. Nema ni efekta „mamurluka" sljedećeg jutra, sve dok je doziranje primjereno i dok se ne uzima prekasno noću. Najčešća preporuka je uzimanje oko 1 mg otprilike 30–60 minuta prije odlaska na spavanje.
Ipak je važno koristiti ga odgovorno. Melatonin je podrška tvojemu unutarnjem satu, a ne univerzalni lijek za poremećaje spavanja. Ne bi ga trebalo uzimati dugoročno bez savjetovanja s liječnikom ili terapeutom, posebno ako već uzimaš druge lijekove ili imaš postojeće zdravstvene tegobe. Trudnice, dojilje i djeca trebaju se suzdržati od uzimanja.