Tvoja crijeva su najveći imunološki organ tvog tijela. Oko 70-80% svih stanica imunološkog sustava koje proizvode antitijela nalazi se u sluznici crijeva. Ta uska veza iznimno je važna jer su crijeva ključna barijera prema vanjskom svijetu. Moraju biti sposobna razlikovati korisne hranjive tvari od potencijalno štetnih uljeza poput bakterija ili virusa.
Crijevna flora pritom igra središnju ulogu kao "trener" imunološkog sustava. Već od rođenja imunološki sustav uči pravilno reagirati zahvaljujući kontaktu s bezbrojem mikroorganizama u crijevima. Raznovrsna i uravnotežena crijevna flora pomaže držati pod kontrolom pretjerano aktivan imunološki sustav (kao kod alergija) ili onaj koji je preslab. Crijevne bakterije neprestano komuniciraju s imunološkim stanicama u crijevnoj stijenci.
Zdrava sluznica crijeva, koja se često naziva crijevnom barijerom, također je od velikog značaja. Kada je ta barijera netaknuta, uzročnici bolesti i neprobavljeni sastojci hrane ne mogu nekontrolirano ulaziti u krvotok. Prebiotici poput inulina i ljuski psylliuma mogu hraniti korisne bakterije koje zauzvrat proizvode kratkolančane masne kiseline. Te masne kiseline stanicama crijevne sluznice služe kao izvor energije i tako doprinose jačanju barijerne funkcije. Zdrava crijeva stoga su važna osnova za normalno funkcioniranje imunološkog sustava.