Antibiotici su lijekovi koji spašavaju živote tako što ciljano uništavaju bakterije ili zaustavljaju njihov rast. Međutim, njihovo djelovanje nije selektivno – to znači da ne razlikuju "loše" bakterije koje uzrokuju bolesti od "dobrih" korisnih bakterija koje čine tvoju crijevnu floru. Terapija antibioticima stoga može djelovati poput čistog sječe u crijevima i osjetno poremetiti raznolikost i ravnotežu mikrobioma.
Ovo poremećanje, koje se naziva i disbioza, može imati različite posljedice. Često dolazi do proljeva povezanog s antibioticima, jer zaštitna funkcija normalne crijevne flore izostaje i neželjeni mikroorganizmi poput Clostridium difficile mogu se lakše razmnožavati. Može biti narušena i probavna funkcija, što može uzrokovati nadutost i nelagodu. Može potrajati i nekoliko mjeseci dok se crijevna flora nakon terapije antibioticima potpuno ne oporavi.
Kako bi se podržala crijevna flora za vrijeme i nakon terapije antibioticima, uzimanje probiotika može biti korisno. Probiotički sojevi bakterija poput laktobacila i bifidobakterija mogu pomoći da se ravnoteža brže uspostavi i smanji rizik od nuspojava. Preporučuje se uzimati probiotike s vremenskim razmakom od 2-3 sata od antibiotika. I prehrana bogata prebioticima s puno prehrambenih vlakana može potaknuti oporavak dobrih crijevnih bakterija.